Le PNT est intégré au système général de santé et calqué sur sa structure organisationnelle pyramidale à trois niveaux : central, intermédiaire et périphérique.

  • Niveau central

Au niveau central, se trouve la Coordination du Programme qui s’appuie sur 9 services. Le bureau de la coordination du Programme est situé à Cotonou dans l’enceinte du Centre National Hospitalier Universitaire de Pneumo-phtisiologie de Cotonou (CNHU/PPC) qui est le premier centre de référence en matière de prise en charge des maladies respiratoires au Bénin.

Le niveau central assure la mise en œuvre des politiques et stratégies de lutte antituberculeuse au Bénin, notamment la planification, la coordination, la formation, la supervision, la sensibilisation, la communication, la mobilisation de financement, le suivi-évaluation, et la recherche.

  • Niveau intermédiaire

Le niveau intermédiaire est représenté par 12 Directions Départementales de la Santé (DDS) au sein desquelles se trouvent les Services Départementaux de la Santé Publique (SDSP). Ces services s’occupent de l’approvisionnement des Centres de Dépistage et de Traitement (CDT) de la tuberculose en consommables, réactifs et médicaments antituberculeux fournis par le niveau central. Ils participent également aux activités de supervision, de formation du personnel et d’appui aux partenaires locaux impliqués dans la lutte antituberculeuse.

  • Niveau opérationnel

Le niveau opérationnel est constitué d’un réseau de CDT intégrés aux centres de santé de communes ou hôpitaux de zone qui sont répartis sur toute l’étendue du territoire national. C’est à ce niveau que les patients tuberculeux sont diagnostiqués, mis sous traitement et suivis jusqu’au terme de la prise en charge.

En 2019, il existe au total 82 CDT dont 71 sont publics et 11 confessionnels/ associatifs. Ces centres sont tous intégrés au système général de santé. Le traitement antituberculeux est directement observé au cours de la phase intensive dans tous les centres impliqués dans la lutte antituberculeuse.